华东理工大学计算机学科最早的历史可追溯到1958年。1958年，在当时的化工机械系设立了生产过程自动化专业。1984年5月，成立计算机科学与工程系，同时设立计算机软件专业。1993年1月，自动控制与电子工程系和计算机科学与工程系合并成立信息科学与工程学科。同年，计算机科学与工程系设立计算机应用专业。1995年，计算机科学与工程系设立计算机通信工程专业。1996年，计算机科学与工程系的计算机软件专业和计算机应用专业合并成立计算机科学与技术专业。1997年1月，信息科学与工程学科改名为信息科学与工程学院。1997年7月，成立电子与通信工程系，原在自动控制与电子工程系的应用电子技术专业改名为电子工程专业和原在计算机科学与工程系的计算机通信工程专业改名为通信工程专业划归电子与通信工程系。
计算机科学与工程系1985年开始招收计算机专业本科学生。计算机软件与理论专业于1990年获得硕士学位授予权，计算机应用技术专业于1996年获得硕士学位授予权。2006年计算机科学与技术专业获准成为一级硕士点，涵盖计算机软件与理论、计算机应用技术和计算机系统结构三个二级学科硕士点，2006年计算机应用技术专业获得了工学博士学位授予权。从2000年开始，先后在计算机技术工程领域和软件工程领域招收工程硕士。计算机科学与技术专业2019年入选首批国家一流本科建设点。2009年6月计算机科学与技术专业通过了全国工程教育专业认证，2015年11月通过第二轮工程教育专业认证，2019年6月通过第三轮工程教育专业认证。
计算机系拥有大数据流通与交易技术国家工程实验室-商业智能与可视化技术研究中心、上海市智慧能源工程技术研究中心、上海大数据与互联网受众工程技术研究中心、上海市大数据联合创新实验室——医疗领域、上海市大数据联合创新实验室——城市管理领域、上海市信用领域（社会信用服务）大数据联合创新实验室等多个省部级科研基地。
经过近30年的不懈努力，华东理工大学计算机系立足行业特色优势，不断深化学科建设，扎实推进内涵建设，在学科建设、人才培养、科学研究、师资队伍建设、产学研合作等方面都取得了突出的成绩。人才培养质量逐步提高，科学研究势头良好，学科的综合实力和规模得到了明显的提高和发展，在促进经济社会发展进程中发挥了重要作用，为国家培养了大批优秀人才。