华东理工大学自动化研究所依托国内最早（1958年）创建的化工自动控制专业，于1985年建制。国内外知名过程控制专家蒋慰孙教授是自动化研究所的首任所长，现任所长是杨文教授，副所长是杨明磊副教授。
自动化研究所长期以来面向在国民经济建设中发挥重要作用的流程工业，围绕国家、区域及行业经济发展对智能制造、绿色制造和高端制造的重大需求，在加强促进科技成果转化的同时，加强高新技术探索和应用基础理论的研究，形成了“智能混合建模与虚拟制造”、“智能自主控制与全流程运行优化”、“智能感知与网络系统协同控制”、“计划调度系统优化与智能决策”、“安全环境足迹监控与溯源诊断”等紧密联系、相互支撑的优势研究方向。
近年来，自动化研究所通过多学科交叉和产学研合作，产出了一批核心关键技术，成为产学研紧密结合的典范，目前已成为石油化工自动化领域国内领先、国际先进，具有国际影响力的人才培养、科学研究和成果转化的研究基地。